Não é permitido empregar os recursos do PDDE para implementar ações que já estejam sendo financiadas pelo FNDE. Assim, o dinheiro do PDDE não pode ser utilizado, por exemplo, para comprar livros didáticos e de literatura já distribuídos pelo FNDE por meio do Programa Nacional do Livro Didático (PNLD) e do Programa Nacional Biblioteca da Escola (PNBE). 

Os recursos do PDDE também não podem ser usados em gastos com pessoal (salário, férias, 13º, diárias e passagens, etc.), pagamento de agente público da ativa, tarifas bancárias e tributos (exceto os incidentes sobre os bens adquiridos e/ou serviços contratados). 

Outros exemplos de despesas consideradas incompatíveis com os propósitos do PDDE são os gastos com festividades, comemorações, coquetéis, recepções, prêmios e presentes que não tenham finalidades pedagógicas, bem como transporte para atividades administrativas, reformas de grande porte e ampliação de áreas construídas e despesas de qualquer espécie que caracterizem auxílio assistencial ou individual (uniforme, material escolar, etc.).