De maneira simplificada, a prestação de contas pode ser definida como a demonstração do que foi feito com os recursos públicos que foram transferidos a uma entidade num determinado período. 

No caso do PDDE, trata-se de apresentar à comunidade escolar e aos órgãos competentes os valores recebidos pela entidade num dado ano, as despesas realizadas nesse período e eventuais saldos a serem reprogramados para uso no ano seguinte, para demonstrar se os recursos foram corretamente empregados e se os objetivos do programa e de suas ações foram alcançados. 

Para facilitar esse procedimento, o FNDE disponibiliza formulários com campos para indicação de informações consideradas indispensáveis para avaliação das contas das entidades.