A prestação de contas das UEx, a ser enviada à prefeitura/secretaria de estado de educação, deve ser constituída: 

a) do Demonstrativo da Execução da Receita e da Despesa e de Pagamentos Efetuados;

b) da Conciliação Bancária, no caso de terem ocorrido despesas, cujos débitos na conta bancária ainda não tenham sido lançados até 31 de dezembro.

c) dos extratos bancários da conta corrente em que os recursos foram depositados, assim como das aplicações financeiras; e

d) de outros documentos que concorram para a inequívoca comprovação da destinação dada aos recursos (como atas de reuniões do colegiado escolar, pesquisas de preços, notas fiscais, recibos, cópias de cheque, etc.).

As prestações de contas das EM e das EEx (incluídos os dados consolidados das UEx), a serem encaminhadas ao FNDE, devem ser feitas diretamente no Sistema de Gestão de Prestação de Contas (SIGPC), mediante lançamento das informações requisitadas sobre a execução dos recursos. 

Assim, os documentos físicos (extratos bancários, notas fiscais, recibos, processos de licitação, etc.) não precisam ser enviados ao FNDE, exceto se forem solicitados pelo órgão, devendo ser guardados na sede da entidade gestora dos recursos. Outro aspecto a ser considerado para julgamento das prestações de contas é verificar se as decisões sobre o uso dos recursos foram tomadas com a participação da comunidade escolar. Geralmente, essas evidências podem ser obtidas pela leitura de atas de reuniões do colegiado escolar.